Ça fait un moment depuis mon dernier article de blog. En ce moment mon temps libre est utilisé pour améliorer des packages comme “{fusen} : Gonflez votre package à partir d’un simple Rmd plat” , “{attachment} : Tools to deal with dependencies in scripts, Rmd and packages” ou “{gitlabr} : An R client …
Spatial
Zones tampons avec attributs du plus proche voisin
Il y a quelques semaines, Christina Buelow a demandé sur Twitter comment elle pouvait créer les polygones des eaux côtières en partant des polygones terrestres, et en s’assurant de ne pas avoir de chevauchement de zone tampon. Cela permettrait de savoir quel secteur terrestre est le plus proche de …
Trouver le plus retweeté des tweets du bot #rspatial
Les robots qui retweetent les tweets #rspatial et #BioImageAnalysis fonctionnent bien. Il est maintenant temps d’ajouter un peu de fonctionnalités avec le meilleur tweet retweeté du mois, une fonction ajoutée au paquet {tweetrbot}. […] Vous pouvez retrouver le jeu de données à jour de tous …
Créer un robot twitter sur un Raspberry Pi 3 avec R
Avec Marion Louveaux, nous avons décidé que nous devions construire un robot Twitter pour notre hashtag préféré. Nous avons exploré différentes possibilités mais la vérité est que je n’ai pas pu résister à l’envie de le construire en utilisant R et {rtweet}. Voici les étapes que j’ai utilisées pour …
Interpolation spatiale sur le globe terrestre 3D
La carte de la Terre est habituellement présentée à plat. Les coordonnées géographiques vont généralement de -180° à +180°. Les interpolations spatiales qui utilisent directement les coordonnées géographiques peuvent être compliquées car -180° est égal à +180°. Je propose ici une façon de réaliser …
Un halo teinté à l’intérieur d’un polygone avec leaflet et la librairie sf (simple feature)
Récupérons les polygones des régions françaises et attribuons une couleur à chacune. J’aime bien les couleurs piratepal de la librairie yarrr. […] Pour créer ces fameux doughnuts à partir des polygones d’origine et des polygones tampons, j’ai utilisé la fonction st_difference. Cependant, …
Comment remplir un polygone avec des trous par une zone hachurée dans leaflet
J’ai créé un package R, disponible sur mon github statnmap, pour proposer la fonction hatched.SpatialPolygons. Cette fonction a été créée à partir de la fonction de base pour dessiner les SpatialPolygons de la librairie sp. J’ai retiré de la fonction tout ce qui permettait de dessiner directement. …
Dessiner un motif d’images répétées sur une carte dans un polygone
Définissons d’abord un SpatialPolygonDataFrame avec lequel travailler. Définissons aussi un polygone dans lequel dessiner la forêt. […] Il est possible d’échantillonner des points sur une grille régulière dans un polygone « spatial » avec la fonction sp::spsample. On peut ensuite afficher sur …
Inclure plusieurs couches dans un widget leaflet avec R
La librarie leaflet s’intègre très bien avec l’écriture façon “pipe” (%>%). Il est donc très facile d’ajouter de multiple couches spatiales dans un widget leaflet. Pour ajouter de nombreuses couches spatiales à votre widget, il n’est pas nécessaire d’utiliser une fonction comme “addPolygons” pour …
Cartographie, analyses spatiales et SIG avec R
La présentation date de 2012. Il y a pu y avoir quelques modifications dans les fonctions. Par exemple, dans la librairie “sp”, la fonction overlay() s’appelle désormais over().
Modèle de cycle de vie dans le cadre Bayésien : code OpenBUGS
Le code OpenBUGS présenté ci-dessous est le matériel supplémentaire d’une publication. Il s’agit de la modélisation du cycle de vie d’une espèce marine (la sole en Manche Est). Le modèle hiérarchique Bayésien intègre les indices d’abondances de juvéniles spatialisés, la dispersion larvaire, les …