r-scripts

Trouver le plus retweeté des tweets du bot #rspatial

Les robots qui retweetent les tweets #rspatial et #BioImageAnalysis fonctionnent bien. Il est maintenant temps d’ajouter un peu de fonctionnalités avec le meilleur tweet retweeté du mois, une fonction ajoutée au paquet {tweetrbot}. […] Si vous voulez explorer ce jeu de données un peu plus en …

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#30DayMapChallenge: 30 jours de création de cartes (3) - La Terre est une sphère

Le défi #30DayMapChallenge a été lancé par Topi Tjukanov sur Twitter. Il est ouvert à tous ceux qui souhaitent afficher une carte, quel que soit le logiciel. Dans ce billet de blog, je vais montrer des cartes réalisées avec R. Je m’ajoute des contraintes pour le plaisir. Cette semaine, je vais créer …

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#30DayMapChallenge: 30 jours de création de cartes (2) - tmap

Le défi #30DayMapChallenge a été lancé par Topi Tjukanov sur Twitter. Il est ouvert à tous ceux qui souhaitent afficher une carte, quel que soit le logiciel. Dans ce billet de blog, je vais montrer des cartes réalisées avec R. Je m’ajoute des contraintes pour le plaisir. Cette semaine, j’utiliserai …

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#30DayMapChallenge: 30 jours de création de cartes (1) - ggplot2

Le défi #30DayMapChallenge a été lancé par Topi Tjukanov sur Twitter. Il est ouvert à tous ceux qui souhaitent créer une carte, quelque soit le logiciel. Dans ce post de blog, je vais montrer des cartes réalisée avec R. Je m’ajoute aussi des contraintes à moi-même pour le plaisir. Cette semaine, …

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Suivre une trajectoire de particule sur un raster avec {rayshader}

{rayshader} est un package fantastique pour la cartographie 3D, mais il vient avec les limitations de {rgl}. J’ai toujours trouvé dommage de ne pas pouvoir me balader dans toutes les directions sur mes objets 3D. Dans ce billet de blog, je vais vous montrer une astuce pour simuler la trajectoire des …

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Créer un robot twitter sur un Raspberry Pi 3 avec R

Avec Marion Louveaux, nous avons décidé que nous devions construire un robot Twitter pour notre hashtag préféré. Nous avons exploré différentes possibilités mais la vérité est que je n’ai pas pu résister à l’envie de le construire en utilisant R et {rtweet}. Voici les étapes que j’ai utilisées pour …

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Utiliser des objets mesh3d avec rayshader et rayrender

Les gens aiment montrer des images 3D dans leurs présentations parce qu’elles font généralement un petit effet “wahou”. Enfin, est-ce vraiment le cas ? A vrai dire, peu m’importe ! Je cherche juste une opportunité de jouer avec des images 3D… Cet article de blog est une version détaillée de quelques …

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Enquête Kaggle 2018: Cartes des langages de programmation et répartition des problèmes de reproductibilité

L’an dernier, j’ai participé à un défi d’analyse des données de l’enquête Kaggle. L’objectif du défi : raconter une histoire sur les données d’un sous-ensemble de la communauté de la science des données représentée dans cette enquête, par une combinaison de texte narratif et d’exploration de …

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Jouer avec des outils de cartographie sur des images 3D de cellules

Jouons avec les outils de cartographie sur des données non géographiques ! {rayshader} est cool sur les raster, mais pourquoi ne pas l’utiliser sur des cellules végétales segmentées ? […] Je voulais trouver une bonne raison de jouer avec les packages de Tyler Morgan-Wall pour la visualisation …

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Initiation à la cartographie avec {sf} & Co.

Aux “Rencontres R 2018” à Rennes, j’ai proposé une brève introduction à la cartographie en utilisant le récent package {sf} et quelques autres packages intéressant. Ce post de blog est une version enrichie de ma présentation et me permet de partager le code des différentes cartes qui y figurent. …

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Dessiner des cartes comme des peintures

Sur la Slack Grrr, une Slack d’entraide francophone sur R, Thomas Vroylandt nous a montré les cartes ci-dessous en demandant si c’était possible de les faire avec {ggplot2} : EDIT : Ces cartes viennent à l’origine du site web visionscarto.net avec des oeuvres d’Agnès Stienne Romain Lesur a rappelé …

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Corrélation spatiale entre rasters

Dans cet article de blog, je propose une façon d’aborder la répartition spatiale de la corrélation entre deux rasters. Quelque soit votre raison, vous pourriez vouloir connaître la corrélation entre des rasters, sauf qu’une valeur unique issue de la fonction cor n’est pas suffisante. Vous aimeriez …

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Interpolation spatiale sur le globe terrestre 3D

La carte de la Terre est habituellement présentée à plat. Les coordonnées géographiques vont généralement de -180° à +180°. Les interpolations spatiales qui utilisent directement les coordonnées géographiques peuvent être compliquées car -180° est égal à +180°. Je propose ici une façon de réaliser …

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Traduction d'un document rmarkdown à partir d'un tableau

Dans mon article “Rmarkdown avec conditions pour créer des pdf et html en différentes langues et avec des images”, je propose un moyen de créer des documents rmarkdown qui peuvent produire des documents identiques en plusieurs langues. Si vous travaillez avec plus de deux langues, la lecture du …

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SDMSelect: Sélection de modèle par validation croisée et cartographie des distributions d'espèces

Cette librairie a été initialement conçue pour la sélection de covariables en vue d’ajuster des modèles d’habitat (biomasses, densités ou présence/absence). Son objectif premier est donc de produire des cartes de prédiction de distributions (cf. vignette SDM_Selection). Cependant, le coeur de la …

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Un halo teinté à l’intérieur d’un polygone avec leaflet et la librairie sf (simple feature)

Récupérons les polygones des régions françaises et attribuons une couleur à chacune. J’aime bien les couleurs piratepal de la librairie yarrr. […] Pour créer ces fameux doughnuts à partir des polygones d’origine et des polygones tampons, j’ai utilisé la fonction st_difference. Cependant, …

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Comment remplir un polygone avec des trous par une zone hachurée dans leaflet

J’ai créé un package R, disponible sur mon github statnmap, pour proposer la fonction hatched.SpatialPolygons. Cette fonction a été créée à partir de la fonction de base pour dessiner les SpatialPolygons de la librairie sp. J’ai retiré de la fonction tout ce qui permettait de dessiner directement. …

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Dessiner un motif d’images répétées sur une carte dans un polygone

Définissons d’abord un SpatialPolygonDataFrame avec lequel travailler. Définissons aussi un polygone dans lequel dessiner la forêt. […] Il est possible d’échantillonner des points sur une grille régulière dans un polygone « spatial » avec la fonction sp::spsample. On peut ensuite afficher sur …

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Rmarkdown avec conditions pour créer des pdf et html en différentes langues et avec des images

Dans les fichiers de sorties ci-dessus, je liste différentes astuces que je dois utiliser pour rendre ces différentes versions possibles ainsi que quelques bonus: […] Je modifirai la liste si je fais face à de nouvelles difficultés ou si je trouve de meilleures manières de faire les choses. …

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Inclure plusieurs couches dans un widget leaflet avec R

La librarie leaflet s’intègre très bien avec l’écriture façon “pipe” (%>%). Il est donc très facile d’ajouter de multiple couches spatiales dans un widget leaflet. Pour ajouter de nombreuses couches spatiales à votre widget, il n’est pas nécessaire d’utiliser une fonction comme “addPolygons” pour …

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R-Shiny app pour la comparaison d’image par expertise

[Désolé, cet article n’est pas traduit en français] Pour résumer, la shiny app a été développée dans le cadre d’une publication scientifique ((Louveaux et al., 2016)[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tpj.13290/full]) encore collaboration avec Marion Louveaux, une analyste d’images …

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Un bouton On/Off pour RShiny

Désolé cet article n’est pas traduit en français […] […] This Rshiny ‘SwitchButton’ function allows to use nice on/off (or True/False) switch buttons instead of the default Rshiny ‘checkboxInput’ function. This only uses CSS code and does not make use of javascript. The ‘switchButton’ …

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Analyse de sensibilité de la matrice de communauté inverse

Ce script est le matériel supplémentaire de deux publications sur l’analyse des réseaux trophiques. Il permet de tester les incertitudes sur les effets directs et indirects de petites variations de biomasses d’un compartiment de réseau trophique sur le reste de l’écosystème. […] Lassalle …

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Modèle de cycle de vie dans le cadre Bayésien : code OpenBUGS

Le code OpenBUGS présenté ci-dessous est le matériel supplémentaire d’une publication. Il s’agit de la modélisation du cycle de vie d’une espèce marine (la sole en Manche Est). Le modèle hiérarchique Bayésien intègre les indices d’abondances de juvéniles spatialisés, la dispersion larvaire, les …

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