Initiation à la cartographie avec {sf} & Co.

Aux “Rencontres R 2018” à Rennes, j’ai proposé une brève introduction à la cartographie en utilisant le récent package {sf} et quelques autres packages intéressant. Ce post de blog est une version enrichie de ma présentation et me permet de partager le code des différentes cartes qui y figurent. …

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Dessiner des cartes comme des peintures

Sur la Slack Grrr, une Slack d’entraide francophone sur R, Thomas Vroylandt nous a montré les cartes ci-dessous en demandant si c’était possible de les faire avec {ggplot2} : EDIT : Ces cartes viennent à l’origine du site web visionscarto.net avec des oeuvres d’Agnès Stienne Romain Lesur a rappelé …

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Corrélation spatiale entre rasters

Dans cet article de blog, je propose une façon d’aborder la répartition spatiale de la corrélation entre deux rasters. Quelque soit votre raison, vous pourriez vouloir connaître la corrélation entre des rasters, sauf qu’une valeur unique issue de la fonction cor n’est pas suffisante. Vous aimeriez …

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Afficher / cacher les zones de code avec bookdown et blogdown

Il y a quelque temps, j’ai répondu à une question sur stackoverflow pour activer le pliage de code avec bookdown. Bien que cette réponse fonctionne, je n’étais pas totalement satisfait du comportement du bouton “Afficher/Masquer Global”. Aujourd’hui, je l’ai corrigé et il fonctionne proprement ! …

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Interpolation spatiale sur le globe terrestre 3D

La carte de la Terre est habituellement présentée à plat. Les coordonnées géographiques vont généralement de -180° à +180°. Les interpolations spatiales qui utilisent directement les coordonnées géographiques peuvent être compliquées car -180° est égal à +180°. Je propose ici une façon de réaliser …

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Migration de wordpress à Hugo avec Blogdown

J’ai utilisé le thème hugo-icarus de digitalcraftsman comme base et déplacé différentes choses. J’ai ajouté de quoi avoir un blog et ma présentation de freelance. N’hésitez pas à le “fork” ou à proposer vos “pull requests”. Le thème “hugo-statnmap-theme” a les fonctionnalités suivantes : […] …

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Traduction d'un document rmarkdown à partir d'un tableau

Dans mon article “Rmarkdown avec conditions pour créer des pdf et html en différentes langues et avec des images”, je propose un moyen de créer des documents rmarkdown qui peuvent produire des documents identiques en plusieurs langues. Si vous travaillez avec plus de deux langues, la lecture du …

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SDMSelect: Sélection de modèle par validation croisée et cartographie des distributions d'espèces

Cette librairie a été initialement conçue pour la sélection de covariables en vue d’ajuster des modèles d’habitat (biomasses, densités ou présence/absence). Son objectif premier est donc de produire des cartes de prédiction de distributions (cf. vignette SDM_Selection). Cependant, le coeur de la …

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Un halo teinté à l’intérieur d’un polygone avec leaflet et la librairie sf (simple feature)

Stackoverflow est une fois de plus une source d’inspriation. J’y ai trouvé cette question pour créer des bandes teintées avec leaflet, initialement non liée à R, mais j’ai pensé pouvoir y répondre facilement avec R. C’est aussi pour moi une bonne excuse pour jouer avec cette nouvelle librairie sf …

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Comment remplir un polygone avec des trous par une zone hachurée dans leaflet

Dessiner des polygones remplis avec une zone hachurée est assez simple sur un graphique classique dans R. Cela nécessite simplement de définir les paramètres density et angle de la fonction polygon. La fonction SpatialPolygons de la librairie sp utilise aussi cette function polygon. Cependant, créer …

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Dessiner un motif d’images répétées sur une carte dans un polygone

Une question sur stackoverflow demandait comment dessiner des arbres dans un polygone pour représenter une forêt sur une carte. J’ai d’abord pensé à afficher des émoticônes d’arbres sur une grille régulière au sein du polygone. La librairie sp permet justement de faire ce type d’échantillonnage …

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Rmarkdown avec conditions pour créer des pdf et html en différentes langues et avec des images

Dans les fichiers de sorties ci-dessus, je liste différentes astuces que je dois utiliser pour rendre ces différentes versions possibles ainsi que quelques bonus: […] Je modifirai la liste si je fais face à de nouvelles difficultés ou si je trouve de meilleures manières de faire les choses. …

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Inclure plusieurs couches dans un widget leaflet avec R

La librarie leaflet s’intègre très bien avec l’écriture façon “pipe” (%>%). Il est donc très facile d’ajouter de multiple couches spatiales dans un widget leaflet. Pour ajouter de nombreuses couches spatiales à votre widget, il n’est pas nécessaire d’utiliser une fonction comme “addPolygons” pour …

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R-Shiny app pour la comparaison d’image par expertise

[Désolé, cet article n’est pas traduit en français] Pour résumer, la shiny app a été développée dans le cadre d’une publication scientifique ((Louveaux et al., 2016)[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tpj.13290/full]) encore collaboration avec Marion Louveaux, une analyste d’images …

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Un bouton On/Off pour RShiny

Désolé cet article n’est pas traduit en français […] RShiny input controls have a nice design that allows to produce nice web interfaces in a very simple way, but the ‘checkboxInput()’ button is really boring compared to its friends…I was looking for a nice way to present a On/Off (or …

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Analyse de sensibilité de la matrice de communauté inverse

Ce script est le matériel supplémentaire de deux publications sur l’analyse des réseaux trophiques. Il permet de tester les incertitudes sur les effets directs et indirects de petites variations de biomasses d’un compartiment de réseau trophique sur le reste de l’écosystème. […] Lassalle …

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Cartographie, analyses spatiales et SIG avec R

En cliquant sur le lien ci-dessous, vous trouverez une présentation balayant différentes fonctions du logiciel R utiles lorsque l’on souhaite travailler avec des jeux de données spatialisées et faire des opérations de SIG. Les bonnes libraries du logiciel R vous permettent de créer, importer, …

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Modèle de cycle de vie dans le cadre Bayésien : code OpenBUGS

Le code OpenBUGS présenté ci-dessous est le matériel supplémentaire d’une publication. Il s’agit de la modélisation du cycle de vie d’une espèce marine (la sole en Manche Est). Le modèle hiérarchique Bayésien intègre les indices d’abondances de juvéniles spatialisés, la dispersion larvaire, les …

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