Dans cet article de blog, je propose une méthode pour examiner la répartition spatiale de la corrélation entre deux rasters. Il s’agit d’une mise à jour d’un article de blog que j’ai écrit en 2018 : Corrélation spatiale entre rasters. La principale différence est que j’utilise le nouveau package …
Comment debugger votre package dans un conteneur fedora {rhub} avant d'envoyer sur le CRAN ?
Ce n’est pas la première fois que je présente comment déboguer sur une autre plateforme avant d’envoyer votre paquet au CRAN. Cette fois, avant son envoi, {checkhelper} a échoué sur l’image ‘fedora’ fournie par {rhub}. Comment déboguer votre package en utilisant cette plateforme lorsque vous …
Partager votre travail sur R en suivant les bonnes pratiques depuis un simple notebook
Vous écrivez des scripts R et vous souhaitez les partager avec d’autres utilisateurs, de manière durable et maintenable. Vous écrivez déjà votre code dans un notebook (Rmarkdown ou Quarto) et partagez sa sortie en HTML. Vous souhaitez documenter les chunks, et rendre cette documentation visible dans …
Ajouter une couche géographique de points dans {tmap} avec plusieurs formats de bordures
Ça fait un moment depuis mon dernier article de blog. En ce moment mon temps libre est utilisé pour améliorer des packages comme “{fusen} : Gonflez votre package à partir d’un simple Rmd plat” , “{attachment} : Tools to deal with dependencies in scripts, Rmd and packages” ou “{gitlabr} : An R client …
Je n'ai pas le temps (de pratiquer)
J’aimerais vraiment pouvoir le faire, et je sais que j’en profiterai, mais je n’ai pas le temps ou je n’ai pas trouvé le temps de l’essayer…. […] Combien de temps comptez-vous prendre pour lire cet article de blog ? Allez-vous lire jusqu’à la fin ? Entièrement ou seulement les titres ? …
Comment ne pas être perdu avec VSCode quand on vient de RStudio ?
VSCode est très populaire en ce moment dans la communauté #rstats. Je trouve tout ce dont j’ai besoin dans RStudio et j’ai mes petites habitudes, alors comment ne pas être perdu avec VSCode ? Je présente ici les réponses à mes premières explorations sur l’utilisation de VSCode en tant qu’utilisateur …
Déboguer son package qui a échoué sur CRAN grâce à {rhub}
Si vous avez envoyé des paquets sur CRAN, vous avez peut-être rencontré des échecs sur différentes configurations de systèmes d’exploitation dont vous n’aviez jamais entendu parler auparavant : Solaris, debian clang, fedora gcc, … Le package {rhub} permet de tester votre paquet sur certains d’entre …
Comment déboguer son package sur Win-Builder avant d'envoyer vers le CRAN ?
Soumettre un package au CRAN peut être difficile car il est vérifié sur plusieurs systèmes d’exploitation et versions de R que vous n’êtes peut-être pas en mesure de vérifier vous-même localement. Heureusement, certains services comme {rhub} et Win-Builder évitent certaines erreurs CRAN …
Conversion de format date-heure dans R avec format et strptime
Chaque fois que je veux extraire ou montrer une partie spécifique d’une date ou d’une heure, je suis perdu dans la documentation. Quelle lettre dois-je utiliser dans format() pour obtenir le nom du jour écrit en entier, dans ma langue, à partir de la date actuelle ? Est-ce “%d %m %Y”, “%a %d %b”, …? …
Zones tampons avec attributs du plus proche voisin
Il y a quelques semaines, Christina Buelow a demandé sur Twitter comment elle pouvait créer les polygones des eaux côtières en partant des polygones terrestres, et en s’assurant de ne pas avoir de chevauchement de zone tampon. Cela permettrait de savoir quel secteur terrestre est le plus proche de …
Trouver le plus retweeté des tweets du bot #rspatial
Les robots qui retweetent les tweets #rspatial et #BioImageAnalysis fonctionnent bien. Il est maintenant temps d’ajouter un peu de fonctionnalités avec le meilleur tweet retweeté du mois, une fonction ajoutée au paquet {tweetrbot}. […] Vous pouvez retrouver le jeu de données à jour de tous …
#30DayMapChallenge: 30 jours de création de cartes (3) - La Terre est une sphère
Le défi #30DayMapChallenge a été lancé par Topi Tjukanov sur Twitter. Il est ouvert à tous ceux qui souhaitent afficher une carte, quel que soit le logiciel. Dans ce billet de blog, je vais montrer des cartes réalisées avec R. Je m’ajoute des contraintes pour le plaisir. Cette semaine, je vais créer …
#30DayMapChallenge: 30 jours de création de cartes (2) - tmap
Le défi #30DayMapChallenge a été lancé par Topi Tjukanov sur Twitter. Il est ouvert à tous ceux qui souhaitent afficher une carte, quel que soit le logiciel. Dans ce billet de blog, je vais montrer des cartes réalisées avec R. Je m’ajoute des contraintes pour le plaisir. Cette semaine, j’utiliserai …
#30DayMapChallenge: 30 jours de création de cartes (1) - ggplot2
Le défi #30DayMapChallenge a été lancé par Topi Tjukanov sur Twitter. Il est ouvert à tous ceux qui souhaitent créer une carte, quelque soit le logiciel. Dans ce post de blog, je vais montrer des cartes réalisée avec R. Je m’ajoute aussi des contraintes à moi-même pour le plaisir. Cette semaine, …
Suivre une trajectoire de particule sur un raster avec {rayshader}
{rayshader} est un package fantastique pour la cartographie 3D, mais il vient avec les limitations de {rgl}. J’ai toujours trouvé dommage de ne pas pouvoir me balader dans toutes les directions sur mes objets 3D. Dans ce billet de blog, je vais vous montrer une astuce pour simuler la trajectoire des …
Créer un robot twitter sur un Raspberry Pi 3 avec R
Avec Marion Louveaux, nous avons décidé que nous devions construire un robot Twitter pour notre hashtag préféré. Nous avons exploré différentes possibilités mais la vérité est que je n’ai pas pu résister à l’envie de le construire en utilisant R et {rtweet}. Voici les étapes que j’ai utilisées pour …
Garder à jour un fork de github/gitlab
Les développeurs de la communauté R sont ouverts à tout type de soutien dans le développement de leurs packages. Vous pouvez ouvrir des issues mais aussi proposer des pull/merge requests pour améliorer le code et/ou la documentation. Mais une fois que vous avez fork le dépôt principal, comment être …
Utiliser des objets mesh3d avec rayshader et rayrender
Les gens aiment montrer des images 3D dans leurs présentations parce qu’elles font généralement un petit effet “wahou”. Enfin, est-ce vraiment le cas ? A vrai dire, peu m’importe ! Je cherche juste une opportunité de jouer avec des images 3D… Cet article de blog est une version détaillée de quelques …
Enquête Kaggle 2018: Cartes des langages de programmation et répartition des problèmes de reproductibilité
L’an dernier, j’ai participé à un défi d’analyse des données de l’enquête Kaggle. L’objectif du défi : raconter une histoire sur les données d’un sous-ensemble de la communauté de la science des données représentée dans cette enquête, par une combinaison de texte narratif et d’exploration de …
Thèmes Blogdown Hugo pour partager des scripts
J’ai modifié deux thèmes Hugo pour pouvoir partager du code R en utilisant Blogdown. hugo-future-imperfect et hugo-statnmap-theme sont des thèmes multilingues permettant le code-folding, la coloration syntaxique, une liste d’articles associés, les citations, les graph SEO ou un formulaire de …
Jouer avec des outils de cartographie sur des images 3D de cellules
Jouons avec les outils de cartographie sur des données non géographiques ! {rayshader} est cool sur les raster, mais pourquoi ne pas l’utiliser sur des cellules végétales segmentées ? […] Je voulais trouver une bonne raison de jouer avec les packages de Tyler Morgan-Wall pour la visualisation …
Initiation à la cartographie avec {sf} & Co.
Aux “Rencontres R 2018” à Rennes, j’ai proposé une brève introduction à la cartographie en utilisant le récent package {sf} et quelques autres packages intéressant. Ce post de blog est une version enrichie de ma présentation et me permet de partager le code des différentes cartes qui y figurent. …
Dessiner des cartes comme des peintures
Sur la Slack Grrr, une Slack d’entraide francophone sur R, Thomas Vroylandt nous a montré les cartes ci-dessous en demandant si c’était possible de les faire avec {ggplot2} : EDIT : Ces cartes viennent à l’origine du site web visionscarto.net avec des oeuvres d’Agnès Stienne Romain Lesur a rappelé …
Corrélation spatiale entre rasters
Dans cet article de blog, je propose une façon d’aborder la répartition spatiale de la corrélation entre deux rasters. Quelque soit votre raison, vous pourriez vouloir connaître la corrélation entre des rasters, sauf qu’une valeur unique issue de la fonction cor n’est pas suffisante. Vous aimeriez …
Afficher / cacher les zones de code avec bookdown et blogdown
J’ai passé des thèmes Hugo avec du code folding, retrouvez la liste ici. […] Il y a quelque temps, j’ai répondu à une question sur stackoverflow pour activer le pliage de code avec bookdown. Bien que cette réponse fonctionne, je n’étais pas totalement satisfait du comportement du bouton …
Interpolation spatiale sur le globe terrestre 3D
La carte de la Terre est habituellement présentée à plat. Les coordonnées géographiques vont généralement de -180° à +180°. Les interpolations spatiales qui utilisent directement les coordonnées géographiques peuvent être compliquées car -180° est égal à +180°. Je propose ici une façon de réaliser …
Migration de wordpress à Hugo avec Blogdown
J’ai utilisé le thème hugo-icarus de digitalcraftsman comme base et déplacé différentes choses. J’ai ajouté de quoi avoir un blog et ma présentation de freelance. N’hésitez pas à le “fork” ou à proposer vos “pull requests”. Le thème “hugo-statnmap-theme” a les fonctionnalités suivantes : […] …
Traduction d'un document rmarkdown à partir d'un tableau
Dans mon article “Rmarkdown avec conditions pour créer des pdf et html en différentes langues et avec des images”, je propose un moyen de créer des documents rmarkdown qui peuvent produire des documents identiques en plusieurs langues. Si vous travaillez avec plus de deux langues, la lecture du …
SDMSelect: Sélection de modèle par validation croisée et cartographie des distributions d'espèces
Cette librairie a été initialement conçue pour la sélection de covariables en vue d’ajuster des modèles d’habitat (biomasses, densités ou présence/absence). Son objectif premier est donc de produire des cartes de prédiction de distributions (cf. vignette SDM_Selection). Cependant, le coeur de la …
Un halo teinté à l’intérieur d’un polygone avec leaflet et la librairie sf (simple feature)
Récupérons les polygones des régions françaises et attribuons une couleur à chacune. J’aime bien les couleurs piratepal de la librairie yarrr. […] Pour créer ces fameux doughnuts à partir des polygones d’origine et des polygones tampons, j’ai utilisé la fonction st_difference. Cependant, …
Comment remplir un polygone avec des trous par une zone hachurée dans leaflet
J’ai créé un package R, disponible sur mon github statnmap, pour proposer la fonction hatched.SpatialPolygons. Cette fonction a été créée à partir de la fonction de base pour dessiner les SpatialPolygons de la librairie sp. J’ai retiré de la fonction tout ce qui permettait de dessiner directement. …
Dessiner un motif d’images répétées sur une carte dans un polygone
Définissons d’abord un SpatialPolygonDataFrame avec lequel travailler. Définissons aussi un polygone dans lequel dessiner la forêt. […] Il est possible d’échantillonner des points sur une grille régulière dans un polygone « spatial » avec la fonction sp::spsample. On peut ensuite afficher sur …
Formater du texte avec conditions dans des chunks rmarkdown - article complet dans une iframe
La suite de cet article est une iframe. Comme elle a été faite pour mon site Internet précédent, les hyperliens ne fonctionnent pas, en particulier ceux du sommaire. Désolé. L’article correspondant sur le blog est là
Rmarkdown avec conditions pour créer des pdf et html en différentes langues et avec des images
Dans les fichiers de sorties ci-dessus, je liste différentes astuces que je dois utiliser pour rendre ces différentes versions possibles ainsi que quelques bonus: […] Je modifirai la liste si je fais face à de nouvelles difficultés ou si je trouve de meilleures manières de faire les choses. …
Inclure plusieurs couches dans un widget leaflet avec R
La librarie leaflet s’intègre très bien avec l’écriture façon “pipe” (%>%). Il est donc très facile d’ajouter de multiple couches spatiales dans un widget leaflet. Pour ajouter de nombreuses couches spatiales à votre widget, il n’est pas nécessaire d’utiliser une fonction comme “addPolygons” pour …
R-Shiny app pour la comparaison d’image par expertise
[Désolé, cet article n’est pas traduit en français] Pour résumer, la shiny app a été développée dans le cadre d’une publication scientifique ((Louveaux et al., 2016)[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tpj.13290/full]) encore collaboration avec Marion Louveaux, une analyste d’images …
Un bouton On/Off pour RShiny
Désolé cet article n’est pas traduit en français […] […] This Rshiny ‘SwitchButton’ function allows to use nice on/off (or True/False) switch buttons instead of the default Rshiny ‘checkboxInput’ function. This only uses CSS code and does not make use of javascript. The ‘switchButton’ …
Analyse de sensibilité de la matrice de communauté inverse
Ce script est le matériel supplémentaire de deux publications sur l’analyse des réseaux trophiques. Il permet de tester les incertitudes sur les effets directs et indirects de petites variations de biomasses d’un compartiment de réseau trophique sur le reste de l’écosystème. […] Lassalle …
Cartographie, analyses spatiales et SIG avec R
La présentation date de 2012. Il y a pu y avoir quelques modifications dans les fonctions. Par exemple, dans la librairie “sp”, la fonction overlay() s’appelle désormais over().
Modèle de cycle de vie dans le cadre Bayésien : code OpenBUGS
Le code OpenBUGS présenté ci-dessous est le matériel supplémentaire d’une publication. Il s’agit de la modélisation du cycle de vie d’une espèce marine (la sole en Manche Est). Le modèle hiérarchique Bayésien intègre les indices d’abondances de juvéniles spatialisés, la dispersion larvaire, les …